台灣轉型正義的推動工作主要集中在金錢補償方面，關於真相探究的部分，二二八事件固然有官方、民間的調查報告出爐，但持續長達四十年的白色恐怖，至今卻仍然沒有一份完整的調查報告。關於探究真相，除了透過專家學者撰寫真相調查報告外，也應該讓受害者能透過司法途徑予以平反，透過司法重新調查、審理的過程，釐清過去軍法審判各種違法的情事，回復政治受難者在司法上本應無罪的判決。論者或許會說這些政治案件受難者不是已經獲得政府的金錢補償及頒發名譽回復證書了嗎？有沒有重新審判有什麼差別？對此，法務部曾解釋依「戒嚴時期人民受損權利回復條例」及「戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例」獲得補償者，性質上與「除罪化」無關。換言之，只是在「行政上」認定該「有罪裁判」為「不當」，並不能在法律上推翻過去的「有罪判決」，除了極少數人如林弘宣、呂秀蓮、陳菊、姚嘉文等九人被李登輝總統依赦免法第三條後段規定「罪刑均宣告為無效」，因而在法律上是「無罪之身」外，絕大多數的政治受難者在法律上仍是「有罪之身」，這對過去受盡苦難與冤屈的他們來說情何以堪。
本來依「戒嚴法」的規定是有機會在解嚴後平反這些政治案件的，根據該法第10條規定，過去在戒嚴時期觸犯內亂、外患、懲治叛亂條例等罪而被移送軍法審判的平民，解嚴後的翌日便可「依法上訴」，有了上訴的管道，自然才有在法律上獲得平反的機會。但為因應解嚴而制訂的「動員戡亂時期國家安全法」，卻在第9條第2款規定戒嚴時期受軍事審判機關審判之非現役軍人（即一般人民）刑事案件，若該裁判已確定者，「不得向該管法院上訴或抗告」。該規定明顯與戒嚴法相抵觸，在立法院審議過程中，就有諸多質疑，尤清指出戒嚴法第10條之所以規定解嚴後第二天便可以提起上訴，是在保障人民在憲法上所享有的訴訟權，國安法反而「破壞人權」也「破壞制度」。費希平也認為過去許多軍事審判是「非常不公」，如今好不容易等到解嚴，「為何不給他們一個平反的機會呢？」更何況這個「平反的機會」還是本來就有的規定。但最終在執政黨人數優勢下，仍依草案通過。雖然國安法第9條第2款後段規定「有再審或非常上訴之原因者，得依法申請再審或非常上訴」，但再審與非常上訴的要件相當嚴格，對於政治受難者在司法上尋求「翻案」設下嚴重障礙，形同畫餅充飢的條文。
「國安法」於解嚴當日即1987年7月15日正式施行，在戒嚴時期受軍法審判的胡學古、李世傑等人隨即向最高法院提起上訴，不意外地被依國安法第9條第2款規定駁回。胡學古等人轉向聲請大法官釋憲，主張解嚴後之上訴應優先適用戒嚴法。大法官會議相隔三年多，於1991年1月18日做出釋字第272號解釋，認定國安法第9條第2款之規定，「係基於此次戒嚴與解嚴時間相隔三十餘年之特殊情況，並謀裁判之安定而設，亦為維持社會秩序所必要。」與憲法尚無牴觸。大法官將「裁判之安定」置於政治案件的平反之上，也形同為過去的不法審判背書，政治犯透過上訴獲得真正平反的管道確定遭到封堵。
其後立法院不乏有修法提案，但始終未能通過。第二屆時就有曾為政治受難者的謝聰敏提案直接刪除本款規定，回歸戒嚴法規定。第三屆謝聰敏再次提案，或許考量法院負荷，規定在修法施行之日起三個月可以提出上訴，並規定法院得設立特別法庭審理。第六屆則有王幸男提案，將提起上訴的時間放寬為六個月，但整屆結束未經委員會討論。第八屆有鄭麗君、姚文智、周倪安等提案，周倪安更主張提起上訴的期間不應受時效限制，但這些提案均被國民黨黨團退回程序委員會而未能有任何實質討論的機會。2016年的新國會，顧立雄、姚文智、羅致政及時代力量黨團也都有提案，但仍待審查。
去年底民間模擬憲法法庭就以國安法第9條第2款為對象，認定該規定違憲，指出該規定以：
表面之法安定性為由，實則逃避了國家促進轉型正義之責任，阻卻使人民透過訴訟救濟程序以無罪或撤銷原判決之方式而獲得名譽之回覆，不但剝奪人民追求真相與正義之權利，影響人民訴訟權之保障甚鉅，也無法透過正式的宣告或司法裁判，恢復受害者與受害者密切相關人之尊嚴名譽與權利。
蔡英文總統在2016年大選承諾將轉型正義納為五大政治改革之中，在五二〇就職演說中進一步承諾「將從真相的調查與整理出發」，在三年內完成「轉型正義調查報告書」。調查報告是對於過去整體白色恐怖時間迫害人權的體制提供一個較宏觀的解釋框架，而對於個別的政治受難者而言，則應該透過司法重新審理，回復他們本應得的「無罪」，確認過去國家的不法，還給政治受難者應有的司法正義。
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