冠狀病毒以表面的 S蛋白質（spike protein）接觸宿主細胞，之前 4 款總加速師的 S蛋白質上都配備大量變異，有些對病毒有利。
COVID-19（武漢肺炎、新冠肺炎）感染人類兩年至今，最新局勢是一款新的 Omicron變異株正在南非肆虐，根據初步資訊估計，它的傳染力強於前半年廣傳全球的 Delta 變異株，殺傷力則仍不清楚。它從何而來，目前有三種假說。
導致疫情的病原體
SARS二世冠狀病毒（SRAS-CoV-2），突變通常緩慢新增，少數品系卻曾在短期內累積大量突變，堪稱總加速師。其中影響最大，最有名的莫過於英國誕生的Alpha、南非的 Beta、巴西的 Gamma，以及印度的 Delta。
WHO 以希臘字母命名一系列值得注意的病毒品系，在此之前已經用到 Mu，原本應該繼續使用 Nu，不過 WHO 直接跳過 Nu 和接下來的Xi，直接以 Omicron 命名最新款的總加速師，理由是 Xi 為常見姓氏。這只能怪 Nu姓沒有人出人頭地，假如有成員當上中國領導人，WHO 就會替其避諱了。
原籍南非的 B.1.1.529 之所以獲得 Omicron 名號，一方面是它現蹤以後，存在感迅速增加，明顯超過同一時空下的
Delta。另一方面是它的基因組上存在許多變異，算是至今已知，改變幅度最大的變異珠。
冠狀病毒以表面的 S蛋白質（spike protein）接觸宿主細胞，之前 4 款總加速師的 S蛋白質上都配備大量變異，有些對病毒有利。而Omicron 出現更多突變，多處變異和之前的總加速師們重複，效果如何仍有待觀察。
病毒累積突變需要時間，但是所有已知樣本遺傳上都和 Omicron 差異不少，缺乏中間型號。Omicron
從何而來？目前有三大假說：第一，它一直潛伏在被忽視的角落，最近才冒出來。第二，它是在某位長期感染的患者體內演化而成。第三，它之前跨物種感染動物，最近又跳回人類宿主。
兩年下來，我們掌握極大量的病毒定序樣本，對照之下可知，Omicron 和之前的總加速師都沒有直接關係，包括之前同樣在南非肆虐的Beta。Omicron 的祖先似乎能一直回溯到 2020 年的中段，而現在是 2021 年底，也就是說它的祖先在某個角落，默默地存在超過一年。
不過 Omicron 演化成如今的遺傳狀態，肯定沒有經過一年那麼久，初步估計大概不會早於 2021 年 9 月。意思是它誕生至今，只過了幾個月。
有些專家認為，南非一直是疫情嚴重的地區，累積大量定序資料，以這兒取樣定序的密度，不太可能超過一年都沒有偵測到 Omicron的前身。由此推論，它之前是在其他地區悄悄演化，如今傳到南非才被發現。
然而，真的會那麼久都沒有被注意到嗎？也有專家主張，南非新星 Omicron的前身原本只是普通病毒（同期生可能都已經滅團），入侵某位免疫力低落的患者後，在人體內長期演化，漸漸累積新的突變，最近才脫穎而出。所以乍看之下突然獲得一大堆新，其餘地方卻不存在中間型號。
有人指出根據過去經驗，適合在一個人體內長期感染的突變效果，時常反而不利體外傳播（例如某些肺結核桿菌），因此懷疑長期感染的論點。但是SARS二世冠狀病毒的狀況，未必符合其他病原體的經驗。
事實上，上述兩個假說未必互斥。處於雷達之外默默生存一年，以及最近幾個月加速演化，無疑可以是先後發生的兩件事。Omicron有可能是在南非某處醞釀，也可能是先在別的地方誕生，後來傳播到南非才脫穎而出。
第三個假說則主張，過去一年沒有見到 Omicron的祖先，是因為它離開人類，改為在某種動物身上傳播；動物有別於人類，又因此衍生出一系列新突變，最近才回傳給人類。幾乎不清楚感染動物的病毒品系，這才沒有發現Omicron 的前身。
我自己認為，人體長期感染後，醞釀出新品系的機會最大，動物總加速師的可能性不高。但是目前缺乏足夠證據，足以排除或證實某個假說。
另一方面，目前不確定南非新星 Omicron 的傳染力如何。初步分析估計，前一段時間它在南非的 Rt（實際感染數）超過 2，而同一脈絡下的Delta 小於 1。倘若直接換算，南非新星的傳染力超過 Delta 兩倍。
不過南非的傳染狀況，未必和其他地方一樣。Omicron 的殺傷力多強，也需要更多資訊。隨著南非新星持續入侵世界各地，恐怕不久後我們就會知道結果。
Where did ‘weird’ Omicron come from?
https://www.science.org/content/article/where-did-weird-omicron-come
Trevor Bedford 11 月 30 日推特：
I think there's perhaps been some confusion regarding transmissibility vs immune escape in Omicron. The apparent rapid increase in frequency of Omicron in Gauteng does not mean that Omicron is necessarily more intrinsically transmissible than Delta. 1/15
— Trevor Bedford (@trvrb) November 29, 2021
Trevor Bedford 12 月 2 日推特：
Following up here with speculative estimates of the rate of spread of Omicron and a stab at how to apportion this rapid rate of spread between intrinsic transmissibility and immune escape. 1/18
— Trevor Bedford (@trvrb) December 1, 2021
作者 / 寒波
